MAN Model Banda Aceh tengah menggalakkan tujuh program unggulan guna merealisasikan visi misi madrasah agar dapat bersaing di kancah global. Ketujuh program tersebut yaitu Program Pembinaan SBMPTN-UTBK, Program Kelas Olimpiade, Program Unggul IPA, Program Unggul IPS, Program Unggul Keagamaan, Program Unggulan Bahasa, dan terakhir Program Kelas Inovasi.

Program pembinaan SBMPTN-UTBK dimaksudkan untuk melatih para siswa sedini mungkin agar terbiasa dengan berbagai soal Ujian Tulis Berbasis Komputer (UTBK) dalam Seleksi Bersama Masuk Perguruan Tinggi Negeri (SBMPTN).

Kepala MAN Model Banda Aceh, Nursiah SAg MPd, mengatakan, para pengajar program pembinaan SBMPTN-UTBK ini merupakan hasil seleksi terbuka. Mereka terdiri dari para pengajar di Bimbingan Belajar (Bimbel) terbaik di Aceh.

"Kami melakukan open recruitment terhadap para pengajar SBMPTN-UTBK. Salah satu syarat pengajar tersebut yaitu harus mempunyai pengalaman mengajar di bembel. Hal ini juga untuk mengurangi rasa bosan para siswa," ucapnya.

Nursiah menambahkan, kelas olimpiade merupakan program unggulan MAN Model Banda Aceh dalam mendidik dan mengembangkan siswa sesuai dengan minat dan kemampuannya dengan penerapan kurikulum yang terintegrasi antara Sains dan Keislaman. 

Para siswa Kelas Olimpiade diharapkan memiliki kemampuan berprikir kritis dan bernalar tinggi di bidang Sains dan Sosial dengan dibekali Iman dan Taqwa (IMTAQ). Pilihan bidang studi olimpiade terdiri dari mata pelajaran Matematika, Fisika, Kimia, Biologi, Ekonomi, dan Geografi.

Sedangkan kelas unggulan dirancang dengan pendekatan scientifik-holistik dengan mensinergikan antara pembelajaran sains dengan pendidikan keagamaan, academic development, sampai membangun wawasan global. Program unggulan IPA, IPS, dan Bahasa mendapatkan bimbingan tambahan seperti Tes Potensi Akademik, Bimbingan Tahfizhul Qur'an, dan Bimbingan Toefl. Sedangkan program unggulan Keagamaan akan dibimbing Tahfizhul Qur'am serta fokus persiapan kuliah di Timur Tengah.

Tahun ini, MAN Model juga membuka prorgam kelas inovasi dengan konsep pembelajaran bilingual atau pembelajaran yang menggunakan dua bahasa sebagai media pengantar pembelajaran. Saat ini tengah proses perekrutan peserta didik baru program inovasi. Tenaga pengajar di kelas ini rata-rata lulusan dari luar negeri. Mereka diharapkan dapat mengajar dan membimbimbing para siswa untuk terbiasa menggunakan Bahasa Inggris sehari-hari.